La Facultad Latinoamericana de Ciencias Sociales es un organismo internacional que surge en 1956 en la Conferencia General de la UNESCO
La Sede de FLACSO en Ecuador fue establecida en 1974, mediante un acuerdo entre el Estado ecuatoriano y el sistema internacional de FLACSO. La institución forma parte del sistema universitario ecuatoriano y fue reconocida por la Ley de Educación Superior en el año 2000. La Sede goza de autonomía administrativa y financiera en concordancia con su acuerdo constitutivo.
FLACSO Sede Ecuador es una universidad internacional de carácter público comprometida con el desarrollo y el fortalecimiento de la investigación y la enseñanza de posgrado en Ciencias Sociales desde una perspectiva autónoma, crítica, pluralista y deliberativa, vinculada con las dinámicas y necesidades de inclusión social, equidad, defensa de los derechos humanos, justicia ecológica y búsqueda de nuevas formas de bienestar democrático de la sociedad en Ecuador y América Latina.